ねないねないねない

他の回答もパクっ・・・参考に、二人の行為を順番にまとめてみました。長い。

①シンジがアスカの首を絞めた理由：シンジ役の緒方によれば、補完発動時にシンジが抱いた自他含めた破滅衝動と同じ。一度は他人のいる世界で生きることを決意したものの、改めてアスカを前にして、他人への恐怖が蘇った。エヴァには、挫折や後悔と頑張りを繰り返しながら少しずつ前進するという人生観が込められてるので（ミサトの台詞、当時のスタッフインタビュー、新劇場版の庵野の所信表明など）、ここも繰り返しになってるのだと思う。

②アスカがシンジの頬を撫でた理由：このラストシーンは、庵野監督が聞いた実話が元ネタになってる。恋人に首を絞められた女性が、その最中にふと相手のことが愛しく思えて頬を撫でてあげたというもの。アスカはシンジに対して複雑な愛憎を抱いているけど、少なくともこの瞬間は憎はなく、ただシンジのことが好きだから受け入れてあげた。

③シンジが手を離して泣いた理由：これも緒方によれば、庵野から「初めて自分で自分を抱きしめてやれた時の泣きが欲しい」と要求された、ポジティブな意味での泣き。親から与えられるべき無償の愛情を受けられなかった（逆に冷たく扱われ抑圧されてきた）影響で、ずっと自分の存在を認められずにいたシンジは、エヴァに乗って命を懸ける事でどうにか存在意義を見出そうとしてきた。けどアスカの、エヴァなど関係ない愛情に触れた事で、初めて自分がこの世界に存在することを許してやれた。

④「気持ち悪い」の意図：②で挙げた実話で、頬を撫でられた恋人はシンジと同じように首から手を離して泣き出し、一方で女性側は気分が醒めてしまって、一転「あんたなんかに殺されるなんて真っ平よ」と厳しい言葉を吐いた。脚本でも「あんたなんかに～」がそのまま台詞に使われてる。これがアフレコ中に「気持ち悪い」に変更された。アスカ役の宮村によれば、庵野からアスカの心情について「夜中に目を覚ましたら部屋に見知らぬ男が入り込んでいて、君を強姦することができるのに、ただ君を見てオナニーしてる。君ならどう思う？」といった例え話をされ、「気持ち悪い…ですかね」と答えたら「やっぱりそうか」とそちらを採用されたとの事。
アスカは殺されてもいいつもりで頬を撫でたのに、シンジは逆に手を離して泣いて自己完結してる。勿論そのまま殺してしまってはダメなんだけど、映画冒頭の病室シーンのように、目の前のアスカを使ってオナニーしてるのと同じ。気分が醒めたアスカは、そんな様子を「気持ち悪い」と突き放したのだと思う。シンジには重要で必要なステップなのだけど、「他人」であるアスカには滑稽に映ってる。

○シーン全体の意味：まず、戦い続けても全く報われず壊れていったシンジが、最後の最後でようやく救いを得た。そうした点ではハッピーエンドなのだと緒方などが言ってる。同時に、まだようやく最低限の自己承認を手にしただけで、他人と本当の意味で向き合ったりなどの課題は今後に残されてる。
それと、他人はどこまで行っても他人だという事。完璧に互いの気持ちを理解しあうことは出来ないし、愛情をくれる時、冷たく拒絶される時の両方ある。そんな他人のいる世界を受け入れて、頑張って生きていこうというラスト（このシーンのタイトルは「I need you」）。

ちなみに旧劇場版の主題を聞かれた庵野は「いいじゃん、他人がいても、ということ」と答え、新劇場版の所信表明ではエヴァ全体を「曖昧な孤独に耐え、他者にふれるのが怖くても一緒にいたいと思う、覚悟の話」と説明してる。